Il y a plusieurs théories qui expliquent comment et pourquoi le tabou apparaît. Certains ethnologues affirment que toutes les sociétés possèdent une forme ou l’autre de ce tabou de l’inceste, alors que d’autres en contestent l’universalité.

Une théorie affirme que le tabou exprime une révulsion psychologique que les personnes ressentent naturellement à la pensée de l’inceste. Mais la majorité des anthropologues rejettent cette explication, en se fondant sur le fait que l’inceste a effectivement lieu.

Une autre théorie affirme que le respect du tabou réduirait le taux de défauts congénitaux causés par les relations sexuelles entre parents trop proches. Premièrement, la proximité des parents n’implique pas directement des défauts congénitaux, mais elle augmente la fréquence des homozygotes. Un homozygote codant un défaut congénital produira des enfants avec des défauts à la naissance, mais les homozygotes qui ne codent pas un défaut vont plutôt réduire la fréquence des porteurs dans une population. Si des enfants nés avec des défauts meurent (ou sont tués) avant de se reproduire, on obtient le même effet de réduction de la fréquence du gène défectueux dans la population.

Deuxièmement, les anthropologues ont fait remarquer dans le cas des îles Trobriand que la distance génétique entre un homme et la fille de la sœur de son père et entre un homme et la fille de la sœur de sa mère est la même. L’interdit contre les relations n’y repose donc pas sur des préoccupations strictement biologiques.

Enfin, Claude Lévi-Strauss a affirmé que le tabou de l’inceste est un interdit contre l’endogamie, son effet est d’encourager l’exogamie. À travers l’exogamie, des maisons ou des lignées autrement sans lien vont former des attachements maritaux qui renforcent la cohésion sociale et la solidarité.